En janvier 2000, un comité de coordination et d'implantation est créé en vue du regroupement des paroisses Bon‑Pasteur et Saint-Pierre-aux-Liens, toutes deux situées sur le territoire de Ville de Charlesbourg, nouvellement fusionnée à la Ville de Québec. Quatre ans et demi auparavant, les deux anciennes paroisses avaient commencé leur route ensemble et une seule équipe d'animation et un seul conseil de pastorale agissaient depuis pour les deux paroisses.

Le 20 novembre 2000, l'archevêché accepte la création de la nouvelle paroisse Bienheureux-Jean-XIII à compter du 1er janvier 2001 par décret de Mgr Maurice Couture, Archevêque de Québec. Le curé fondateur de la nouvelle paroisse est l'abbé Hervé Bernard.

Les deux lieux de culte demeurent : l'église Bon-Pasteur et l'église Saint-Pierre-aux-Liens. Depuis le 30 décembre 2007, la paroisse n'a plus qu'un seul lieu de culte, l'église Saint-Pierre-aux-Liens puisqu'il y a eu fermeture de l'église Bon-Pasteur à cette date.