Le 15 août 1960, par décret de son Excellence Mgr Maurice Roy, Archevêque de Québec, la paroisse du Bon-Pasteur est érigée canoniquement. Ce décret détache une partie du territoire de la paroisse Notre-Dame-des-Laurentides, la partie sud de la paroisse, pour former la nouvelle paroisse. Son territoire est délimité au sud par la rue de la Faune et au nord par la rue des Bouleaux. La paroisse est située sur le territoire de la Ville de Notre-Dame-des Laurentides. Cette ville fut fusionnée à la Ville de Charlesbourg en date du 1er janvier 1976 et depuis le 1er janvier 2000, cette dernière fait maintenant partie du territoire de la Ville de Québec.

Le dimanche 18 septembre 1960, Monsieur l'Abbé Arthur Bernier prend possession vraie, réelle et corporelle de la cure et paroisse du Bon-Pasteur. Le mardi 25 octobre 1960, il y a élection de trois marguilliers.

C'est l'entrepreneur général J. Labrecque Ltée qui a construit l'église Bon-Pasteur au cours de l'année 1965. La conception des plans et devis fut confiée à l'architecte québécois Louis Carrier qui a dit s'être appliqué à l'observance de trois règles principales: l'économie, la simplicité et l'adaptation de la bâtisse aux exigences du renouveau liturgique.

Le 10 avril 1966, soit le jour de Pâques, la première messe était chantée dans le nouveau temple. La bénédiction des cloches avait lieu le 22 mai et l'inauguration officielle le 29 mai, jour de la Pentecôte en même temps que l'anniversaire de l'inauguration de l'Église chrétienne dans le monde.

Pendant cinq ans, le Juvénat du Bon-Pasteur, administré par les soeurs du Bon-Pasteur, a logé gratuitement le curé de la paroisse et la Commission scolaire a fourni aux mêmes conditions une salle pour l'exercice du Culte. Il faut noter que le vocable de la paroisse prend sa source dans le ministère exercé à cet endroit par les soeurs du Bon-Pasteur, depuis l'année 1869.